Instituído em meados de 2006 pelo Decreto 3.261/2006, o programa, com atividades ainda hoje fortemente relacionadas à safra agrícola da mamona, praticamente tiveram início em 2007. O programa é conduzido conjuntamente pela Secretaria de Estado do Planejamento e do Orçamento – SEPLAN e pelo Serviço de Apoio às Micro e Pequenas Empresas – SEBRAE. Atualmente, estão em curso as ações de inclusão da Secretaria de Estado da Agricultura e do Desenvolvimento Agrário – SEAGRI na coordenação executiva do sistema.
 
A Coordenação Executiva Estadual tem como principal atividade fundamentar e instrumentalizar as decisões do Comitê Gestor Estadual, colegiado presidido pelo Governador do Estado e instância superior do programa, composto por mais 12 instituições parceiras do programa, as SEDEC, SECTI, FAPEAL, UNEAL, UFAL, EMBRAPA, CEAL, FIEA, BB, BNB e OLEAL; o 15o membro, a SEICS, foi incorporada à SEDEC pelo governo atual.
 
Pelo PROBIODIESEL/AL, foram realizados diversos cursos para técnicos das secretarias de agricultura municipais e estadual e produtores rurais vinculados à agricultura familiar, objetivando a capacitação de produtores rurais e formação de agentes de desenvolvimento rural nos 33 municípios zoneados pela EMBRAPA para o cultivo da mamona.
 
Instituições parceiras específicas, como a SEAGRI, EMBRAPA, UFAL e UNEAL, vem desenvolvendo uma série de trabalhos experimentais de pesquisa agrícola com oleaginosas e inovação tecnológica para o semi-árido alagoano e ainda o início de atividades como a implantação de laboratórios de caracterização e controle de qualidade de óleos vegetais e biodiesel, de análise de solos e de unidade piloto em escala laboratorial, para fins de ensino, pesquisa e desenvolvimento; além de suporte à cadeia produtiva, os trabalhos de pesquisa agrícola visam notadamente verificar a compatibilidade de outras espécies oleaginosas às nossas condições edafoclimáticas, com foco na salutar diversificação das alternativas disponíveis como fonte de matéria-prima para o processo.
 
Já foram promovidos, nas diversas regiões fisiográficas do estado, dias de campo com demonstração de técnicas agrícolas e palestras de renomados especialistas em oleaginosas e ainda diversas oficinas e reuniões de acompanhamento, avaliação e diagnóstico com técnicos envolvidos no processo e também visitas técnicas e atividades de intercambio com instituições e associações de classe e sindicais colaboradoras.
 
Um significativo banco de dados cadastra os produtores envolvidos com o programa, a partir dos aproximadamente 450 do primeiro ano do programa. O PROBIODIESEL/AL também compõe a Rede Nordestina de Biocombustível e a Rede Brasileira de Tecnologia de Biodiesel, tendo participado de inúmeros fóruns deliberativos, seminários e congressos de âmbito regional e nacional.
 
Dos aproximadamente 500 hectares da safra de mamona de 2007, com uma produção em torno de 400 toneladas de baga, estima-se para o corrente ano um plantio de 3.000 hectares e uma produção em torno de 3.000 toneladas; pouco a pouco, vai-se construindo uma escala de produção que certamente há de sanar alguns problemas ainda verificados na cadeia produtiva, notadamente nos aspectos comercialização e processamento do produto em instalações em nosso estado.
 
Ressalta-se que os produtos da mamoneira, bagas e óleo, hoje importantes commodities internacionais balizadas pela bolsa de mercadorias de Rotterdan, inclusive com cotações, nacional e internacional, muito superiores às do mercado de biocombustíveis, tem demanda altamente insatisfeita para a produção alagoana; compradores de outro estado tem adquirido a produção ofertada, a preços superiores --- R$1,00 a R$ 1,20/kg --- que os históricos e mínimo do produto --- R$0,70 a R$0,75/kg. A ainda pouca escala da produção e sua pulverização certamente constituem um complicador nesse processo. 
 
Mesmo considerando-se inúmeros senões e dificuldades previsíveis do programa, pode-se considerar que Alagoas, na área do biocombustível, vem tendo um dos melhores encaminhamentos do nordeste, onde diversos estados se debatem entre situações como indústrias sem matéria-prima ou produtores desta em média ou larga escala sem demanda local para sua produção.